Prélèvement d’ADNe sur des feuilles – Leaf swabs
1. Sélection des feuilles
Les feuilles situées à moins d’un mètre du sol peuvent être favorisées car elles ont une probabilité plus élevée d’avoir été en contact avec des animaux. Les feuilles présentant une accumulation notable de résidus ou affichant des signes de dommages causés par la faune environnante doivent être privilégiées, ainsi que les feuilles situées le long de pistes animales.
2. Prélèvement avec écouvillons
Le protocole utilisé pour le projet CAAPP-Faune prévoit l’utilisation d’échantillons composites, collectés en prélevant de l’ADNe sur des feuilles à différentes hauteurs (au sol, à 50 cm du sol et à 1 mètre du sol). Cette gamme de hauteurs permet decibler la majorité des espèces empruntant les pistes en forêts dense humide du bassin du Congo.
Dans ce cas, un écouvillon est utilisé pour chaque strate. A chaque hauteur (correspondant à une strate), l’écouvillon est frotté sur une surface équivalente à 300 cm², en frottant au minimum 3 feuilles différentes pendant 10 secondes. Idéalement, des feuilles de textures différentes (rugosité, présence de poils, …)sont sélectionnées afin de capturer le maximum de variabilité possible d’ADNe.
3. Préservation des échantillons
Après le prélèvement, il est essentiel d’utiliser une solution d’éthanol à 96 % pour préserver les acides nucléiques. Les écouvillons doivent être immergés dans cette solution, et les tiges des écouvillons doivent être coupées afin de conserver l’échantillon dans une bouteille de collecte hermétique.
4. Documentation des prélèvements
Une fiche de collecte avec des informations telles que le numéro d’échantillon, la date, le lieu, les coordonnées GPS, le type de strate, et toute observation notée sur l’état des feuilles ou des plantes doit être complétée. [télécharger la fiche ici]
Il faut étiqueter les échantillons récoltés, en indiquant au minimum le numéro d’échantillon et les coordonnées GPS. Ceci est crucial pour assurer la traçabilité.
5. Transport et stockage
Les échantillons correctement étiquetés doivent être rapidement stockés, de préférence à -20°C, dans un endroit à l’abri de la lumière, sec, propre et sécurisé jusqu’à leur analyse en laboratoire.
Prélèvement dans l’eau
1. Collecte et filtration des échantillons
L’eau doit être prélevée dans les 10 premiers centimètres de la colonne d’eau, selon les protocoles de Miaud et al., 2019 et Mena et al., 2021. Durant la filtration, il est conseillé de se positionner en aval du point d’échantillonnage afin d’éviter toute contamination de l’eau.
La filtration [lien des vidéos] consiste à faire passer un volume d’eau à travers un filtre pour récupérer les fragments d’ADN relâchés par les animaux. Cette opération peut être réalisée manuellement, à l’aide de seringues stériles, ou par l’intermédiaire d’une pompe péristaltique (voir onglet Matériel).
La filtration est effectuée jusqu’à saturation du filtre, ou, à défaut, il est recommandé de limiter la durée de filtration à une durée maximale définie lors de l’élaboration du protocole. La collecte d’un échantillon peut nécessiter plusieurs prélèvements à différents endroits du site d’échantillonnage afin d’obtenir le volume d’eau à filtrer, tel que défini lors de la planification de l’inventaire (voir onglet Planification de l’inventaire).
2. Préservation des échantillons
À la fin de la filtration, il est crucial de vider le réceptacle du filtre de toute eau résiduelle afin d’éviter la dégradation des molécules d’ADN. Le filtre sera ensuite imprégné d’une solution tampon pour assurer la conservation de l’ADN. En l’absence d’une telle solution, une solution d’éthanol à 96 % peut être utilisée en remplacement.
3. Traçabilité
Une fiche de collecte doit être remplie, comportant des informations standards similaires à celles utilisées pour le prélèvement d’ADN sur les végétaux, telles que le numéro d’identification de l’échantillon, les coordonnées GPS, la date, etc. Il est également important d’inclure des données spécifiques comme la durée de filtration ou le volume d’eau filtré, ainsi que la nature de la source (point d’eau, rivière, etc.). [télécharger la fiche ici]
Tout comme pour l’ADN collecté sur les végétaux, les échantillons récoltés seront étiquetés en indiquant au minimum le numéro d’échantillon et les coordonnées GPS.
4. Transport et stockage
A l’instar du prélèvement sur les feuilles, les échantillons correctement étiquetés doivent être rapidement stockés dans un endroit frais, de préférence -20°C, jusqu’à leur analyse en laboratoire.
