Prélèvement d’ADNe sur des feuilles – Leaf swabs
1. Sélection des feuilles
Les feuilles situées à moins d’un mètre du sol peuvent être favorisées car elles ont une probabilité plus élevée d’avoir été en contact avec des animaux. Les feuilles présentant une accumulation notable de résidus ou affichant des signes de dommages causés par la faune environnante doivent être privilégiées, ainsi que les feuilles situées le long de pistes animales.
2. Prélèvement avec écouvillons
Le protocole utilisé pour le projet CAAPP Faune prévoit l’utilisation d’échantillons composites, collectés en prélevant de l’ADNe sur des feuilles à différentes hauteurs (au sol, à 50 cm et à 1 m du sol). Cette gamme de hauteurs permet de cibler la majorité des espèces empruntant les pistes en forêt dense humide du bassin du Congo.
Dans ce protocole, un écouvillon est utilisé pour chaque strate. À chaque hauteur correspondant à une strate, l’écouvillon est frotté pendant 10 secondes sur une surface totale de 300 cm², en incluant au moins trois feuilles différentes. Idéalement, ces feuilles doivent présenter des textures variées (rugosité, présence de poils, etc.) afin de maximiser la diversité de l’ADNe collecté.
3. Préservation des échantillons
Après le prélèvement, il est essentiel d’utiliser une solution d’éthanol à 96 % ou une autre solution tampon pour préserver les acides nucléiques. Les écouvillons doivent être immergés dans cette solution, et les tiges des écouvillons doivent être coupées afin de conserver l’échantillon dans une bouteille de collecte hermétique.
4. Documentation des prélèvements
Une fiche de collecte avec des informations telles que le numéro d’échantillon, la date, le lieu, les coordonnées GPS, le type de strate, et toute observation notée sur l’état des feuilles ou des plantes doit être complétée.
Il faut étiqueter les échantillons récoltés, en indiquant au minimum le numéro d’échantillon et les coordonnées GPS. Ceci est crucial pour assurer la traçabilité.
5. Transport et stockage
Dès que possible, les échantillons correctement étiquetés doivent être stockés, de préférence à -20°C, dans un endroit à l’abri de la lumière, sec, propre et sécurisé jusqu’à leur analyse en laboratoire.
Prélèvement dans l’eau
1. Collecte et filtration des échantillons
L’eau doit être prélevée dans les 10 premiers centimètres de la colonne d’eau, selon les protocoles de Miaud et al. (2019) et Mena et al. (2021). Durant la filtration, il est conseillé de se positionner en aval du point d’échantillonnage afin d’éviter toute contamination de l’eau.
La filtration consiste à faire passer un volume d’eau à travers un filtre pour récupérer les fragments d’ADN relâchés par les animaux. Cette opération peut être réalisée manuellement, à l’aide de seringues stériles, ou par l’intermédiaire d’une pompe péristaltique (voir onglet Matériel).
La filtration est effectuée jusqu’à saturation du filtre, ou, à défaut, il est recommandé de limiter la durée de filtration à une durée maximale définie lors de l’élaboration du protocole. La collecte d’un échantillon peut nécessiter plusieurs prélèvements à différents endroits du site d’échantillonnage afin d’obtenir le volume d’eau à filtrer, tel que défini lors de la planification de l’inventaire (voir onglet Planification de l’inventaire).
2. Préservation des échantillons
À la fin de la filtration, il est crucial de vider le réceptacle du filtre de toute eau résiduelle afin d’éviter la dégradation des molécules d’ADN. Le filtre sera ensuite imprégné d’une solution tampon pour assurer la conservation de l’ADN. En l’absence d’une telle solution, une solution d’éthanol à 96 % peut être utilisée en remplacement.
3. Traçabilité
Une fiche de collecte doit être remplie, comportant des informations standards similaires à celles utilisées pour le prélèvement d’ADN sur les végétaux, telles que le numéro d’identification de l’échantillon, les coordonnées GPS, la date, etc. Il est également important d’inclure des données spécifiques comme la durée de filtration ou le volume d’eau filtré, ainsi que la nature de la source (point d’eau, rivière, etc.).
Tout comme pour l’ADN collecté sur les végétaux, les échantillons récoltés seront étiquetés en indiquant au minimum le numéro d’échantillon et les coordonnées GPS.
4. Transport et stockage
A l’instar du prélèvement sur les feuilles, les échantillons correctement étiquetés doivent être rapidement stockés dans un endroit frais, de préférence -20°C, jusqu’à leur analyse en laboratoire.
