L’utilisation de l’ADN environnemental pour inventorier la faune, en particulier les mammifères, est une méthode relativement récente. En conséquence, l’élaboration des protocoles se fait encore de manière exploratoire.
Les dispositifs d’échantillonnage pour la collecte d’ADNe à prélever sur la végétation sont généralement des échantillonnages systématiques. Par exemple, un maillage de 8×8 km, est généré sur un Système d’Information Géographique (SIG) avec une densité de deux stations d’échantillonnage par km². En l’absence de paramètres standardisés, les caractéristiques du maillage présenté ici s’inspirent des protocoles standardisés pour les pièges photographiques développés par le réseau TEAM (Tropical Ecology Assessment and Monitoring). Plusieurs grilles sont positionnées de manière aléatoire dans la zone d’étude afin de couvrir la diversité des habitats de l’écosystème ciblé. L’utilisation de l’ADN environnemental peut notamment permettre de repérer les hotspots de biodiversité, ce qui permet ensuite de concentrer les efforts d’inventaire sur ces zones avec d’autres méthodes comme les pièges photographiques.
Pour les prélèvements d’ADNe dans l’eau, la sélection des sites dépendra des points d’eau identifiés avant la phase de terrain. L’utilisation de logiciels d’analyse géospatiale tels que QGIS facilite cette tâche en permettant de localiser précisément ces points d’échantillonnage. Toutefois, des prélèvements supplémentaires peuvent évidemment être réalisés lors de rencontres opportunistes avec des points d’eau non identifiés au préalable.