Diagnostic, Surveillance et Epidémiologie

(Manager: Sébastien Massart)

Un diagnostic fiable des agents phytopathogènes est un élément essentiel pour développer une lutte intégrée contre les maladies des plantes et pour suivre leur évolution dans l’espace et dans le temps. Ce suivi permet d’assurer une surveillance de ces maladies et d’étudier leur épidémiologie et leur écologie.

Depuis plus de 30 ans, le laboratoire développe, valide et applique des méthodes innovantes de diagnostic des agents phytopathogènes. Les développements actuels visent à utiliser rationnellement les techniques de séquençage haut-débit (HTS) pour caractériser des agents phytopathogènes connus ou inconnus à l’échelle de la plante, de l’écosystème ou d’une région. Dans ce contexte, l’analyse bioinformatique des données de séquençage haut-débit a pris une place importante dans la recherche et le développement menés au sein du laboratoire.

Une équipe internationale de 12 chercheurs travaillent au sein de cet axe : Yves Bisimwa (doctorant), Arnaud Blouin (postdoc), Nuria Fontdevila (doctorante), Marwa Hanafi (doctorante), Bénédicte Lebas (postdoc), Angelo Locicero (technicien), François Maclot (doctorant), Liu Shangwu (doctorant), Rachid Tahzima (doctorant), Lucie Tamisier (postdoc), Coline Temple (Doctorante) et Rong Wei (postdoc).

Cet axe de recherche se développe au travers de plusieurs projets en collaboration avec des partenaires nationaux et internationaux (cf. carte):

  • ByPOP (2017-2019) : étude de l’impact de plantes hôtes sur la diversité génétique du virus de la jaunisse nanisante de l’orge (BYDV) et sa multiplication dans les plantes
  • Inextvir (2019-2023) : un réseau international de formation de doctorants axés sur la virologie des arbres fruitiers et des plantes maraichères ainsi que sur le développement d’outils bioinformatiques
  • Valitest (2018-2021) : de nouveaux standards sont rédigés pour améliorer la fiabilité des méthodes de diagnostic, notamment l’analyse statistique des données de validation et l’utilisation du HTS
  • Ecovir (2016-2019) : la diversité des virus de Poaceae est comparée dans des écosystèmes de biodiversité contrastée du parc natural Burdinale-Mehaigne
  • Diagnostic des virus des bananiers (2017 – 2021) : en support des activités du Germplasm Health Unit de Bioversity International, de nouveaux protocoles de diagnostic sont développés
  • Etiologie – Identification de nouveaux phytovirus (2017 – …) : des training school internationales sont organisées en vue d’identifier les virus présents dans des échantillons symptomatiques d’étiologie inconnue. Leur séquençage haut-débit permet d’identifier les virus présents.
  • SEVIPLANT (2018-2021) : une étude du virome des Solanaceae à l’échelle nationale, plus de 10.000 plantes seront séquencées
  • VIRFAST (2018-2020) : évaluation de la technologie Oxford Nanopore (Minion) pour la détection rapide et on-site des virus
  • iCARE (2017-2021) : une étude des virus infectant les plantations de manioc et de la filière de semences au Rwanda et en République Démocratique du Congo
  • Plant Health Bioinformatic Network (2019-2021) : projet visant à fédérer les efforts bioinformatiques pour l’analyse des données de séquençage haut-débit et la détection d’agents pathogènes
  • Doctoral program on virology (2015 – 2022) : les virus des arbres fruitiers et de la pomme de terre sont étudiés par le HTS en collaboration avec la Chinese Academy of Agricultural Sciences

Les chercheurs interagissent au travers de collaboration avec de nombreux pays dans le monde :

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Contact: Sébastien Massart Liste des publications