Les recherches menées au sein de l’axe vise la mise en œuvre de micro-organismes pour des applications spécifiques (production industrielle, comportement dans un écosystème particulier, caractère pathogène,…). Au niveau fondamental, les recherches sont menées suivant une approche multi-échelle mettant en œuvre la génomique/protéomique/métabolomique (échelle moléculaire), l’étude des populations microbiennes (micro-échelle) et leur comportement en bioréacteur ou dans un écosystème particulier (macro-échelle).

Certaines thématiques spécifiques sont reprises ci-dessous :

  • Ingénierie métabolique des micro-organismes pour améliorer la production de métabolites secondaires/protéines recombinantes/ADN plasmidique);
  • Ingénierie des bioréacteurs (scale-up, scale-down, scale-out, induction de stress spécifiques,…);
  • Etude des mécanismes fondamentaux qui régissent le fonctionnement normal et pathologique de la cellule;
  • Etude des mécanismes régissant l’hétérogénéité des populations microbiennes;
  • Etude des interactions micro-organismes avec des systèmes d’intérêt agronomique (plante, sol,…);
  • Métagénomique et métatranscriptomique fonctionnelle appliquée aux populations microbiennes de différents écosystèmes (échantillon de terre forestière ou agricole, suc digestif d’insectes, microflore d’algues marines, etc …) en vue de rechercher des enzymes nouveaux avec de nouvelles propriétés fonctionnelles mieux adaptées à des applications agro-industrielles.

L’axe « technologies microbiennes » est constitué des entités Microbial processes and interactions (MiPI), Microbiologie et génomique et Biologie moléculaire.