Pourquoi faire son TFE/stage au sein du Laboratoire ?

  • Accompagnement structuré en étapes (formation technique, suivi itératif, formation à la communication, validation) ;
  • Travail réalisé dans un laboratoire avec un système d’assurance qualité ;
  • En relation permanente avec de nombreuses entreprises ;
  • Large choix depuis la recherche pointue fondamentale jusqu’à la recherche appliquée ;
  • Gamme de technologie étendue: depuis les techniques de base jusqu’à la biotechnologie de pointe ;
  • Nombreuses collaborations et stages possibles à l’étranger.

Liste des stages et TFE proposés :


AQUAPONIE ET AGRICULTURE URBAINE


INTERACTIONS PLANTES-MICROORGANISMES


LUTTE BIOLOGIQUE


DIAGNOSTIC ET SURVEILLANCE


AQUAPONIE ET AGRICULTURE URBAINE (Contact:Prof. Haissam Jijakli)

Valorisation innovante des effluents de pisciculture par la méthode aquaponique

 Personne de contact : Thomas tomson (t.tomson@ulg.ac.be)

             Le TFE s’intègre dans le cadre d’un projet se présentant comme une méthode innovante de filtration et de valorisation des effluents d’élevage d’une pisciculture à eau recirculée en ayant recours à l’aquaponie dans le but de diminuer fortement les rejets en eau de l’entreprise. En effet, les pisiculture intensive à eau recirculée sont dans l’obligation de renouveler quotidiennement une partie de l’eau de leurs circuits afin de maintenir les nitrates en-dessous de concentrations dommageables pour ses esturgeons. Les nitrates sont issus de la transformation des éléments azotés issus du métabolisme des poissons après passage dans le biofiltre (ammoniac transformé en nitrite puis en nitrate). Ces nitrates sont un élément nutritif nécessaire à la croissance des plantes et peuvent donc être valorisés en une production maraîchère secondaire. L’eau de rejet n’est donc plus envoyée en station d’épuration avant de rejoindre le réseau d’égouttage collectif mais envoyée dans une nouvelle boucle aquaponique. Il en est de même avec l’importante production de boues d’élevage.

En effet, ces boues sont centrifugées avant stockage pour éliminer l’excédent en eau. Cet excédent est lui aussi envoyé en station d’épuration tandis que les boues sont traitées par des sociétés spécialisées. La valorisation sur place de ces boues par leur minéralisation et leur incorporation comme solution nutritive dans la boucle aquaponique couplée à l’utilisation des eaux de rejet permet de réduire considérablement l’impact environnemental et la consommation énergétique de ce type d’installations.

Déroulement du TFE

Les tests qui seront réalisés au sein du laboratoire consisteront en la comparaison de différents systèmes aquaponiques en fonction des conditions rencontrées au sein de l’entreprise partenaire afin de déterminer le système le plus adéquat (tables à marées, NFT, DWC, goutte à goutte). Parallèlement, des tests de minéralisation des boues seront effectués afin de déterminer la technique la plus adéquate (aérobie vs anaérobie). Les résultats obtenus permettront de déterminer la combinaison la plus adéquate en termes de solution nutritive pour les plantes : eau du système seule, solution issue de la minéralisation des boues, ou mix de l’eau et des boues. Cette combinaison se basera également sur les économies substantielles en eau et en énergie que la pisciculture pourra réaliser en fonction des différents scenarii.

Projet Optibiomasse

 Personne de contact : Françoise Bafort (francoise.bafort@ulg.ac.be)

1) Optimisation de la culture du chanvre industriel (Cannabis sativa L.) pour orienter la biosynthèse de la molécule à haute valeur ajoutée le cannabidiol (CDB), en étudiant l’influence des paramètres suivants: substrat de culture, irrigation, éclairage et solution nutritive.

2) Mise au point de l’analyse moléculaire des voies de biosynthèse du cannabidiol (rtpcr, …)

 Evaluation de la capacité d’un système aquaponique à promouvoir une résistance ou une tolérance des plantes vis-à-vis de différents phytopathogènes.

Personne de contact : Gilles Stouvenakers (gilles.stouvenakers@ulg.ac.be).

L’aquaponie est un système qui intègre à la fois un élevage de poissons et la production hydroponique de plantes. Dans ce type de culture, il a déjà été remarqué de manière non scientifique et subjective que les plantes s’y développant semblaient moins sensibles aux maladies. Cependant très peu d’expérimentations ont été réalisées à ce sujet. L’objectif de votre TFE consistera donc à évaluer la capacité de résistance ou de tolérance que prodigue l’eau émanant d’un système d’aquaculture recirculée sur des plantes produites de manière hydroponique. En pratique, vous devrez inoculer des plantes avec différents pathogènes pour ensuite déterminer l’incidence de la maladie et quantifier les symptômes. Des tests complémentaires in vitro peuvent également être envisagés ainsi que l’emploi de méthodes moléculaires et/ou microbiologiques pour suivre l’évolution du pathogène.

Compétences souhaitées : aquaculture, hydroponie, physiologie végétale, microbiologie, biologie moléculaire,…

 Etudes des moyens de biocontrôles disponibles dans un système aquaponique

Personne de contact : Gilles Stouvenakers (gilles.stouvenakers@ulg.ac.be).

L’aquaponie est un système qui intègre à la fois un élevage de poissons et la production hydroponique de plantes. Lorsqu’un bioagresseur apparaît dans ce type de culture, il est très difficile de le gérer du fait de l’inexistence de produits phytosanitaires spécialement développés pour l’aquaponie. En effet, la présence de poissons dans le système empêche tout usage de pesticides. C’est pourquoi, l’essentiel des mesures de protection des plantes en aquaponie sont basées sur des méthodes préventives. En hydroponie, l’utilisation d’agents de biocontrôle a déjà fait l’objet de multiples expérimentations. Cependant, en aquaponie tout reste à faire. En pratique, vous devrez inoculer des plantes avec un pathogène pour ensuite évaluer l’efficacité de l’agent de lutte biologique. Des tests complémentaires in vitro peuvent également être envisagés ainsi que l’emploi de méthodes moléculaires et/ou microbiologiques pour suivre l’évolution du pathogène ou de l’antagoniste.

Compétences souhaitées : aquaculture, hydroponie, physiologie végétale, microbiologie, biologie moléculaire, phytoprotection, lutte biologique,…

  Etude de l’impact d’une désinfection UV dans un système aquaponique sur les microorganismes bénéfiques et phythopathogènes.

Personne de contact : Gilles Stouvenakers (gilles.stouvenakers@ulg.ac.be).

L’aquaponie est un système qui intègre à la fois un élevage de poissons et la production hydroponique de plantes. Lorsqu’un bioagresseur apparaît dans ce type de culture, il est très difficile de le gérer du fait de l’inexistence de produits phytosanitaires spécialement développés pour l’aquaponie. En effet, la présence de poissons dans le système empêche tout usage de pesticides. C’est pourquoi l’essentiel des mesures de protection des plantes en aquaponie sont basées sur des méthodes préventives. En hydroponie, l’utilisation de désinfecteurs UV a déjà fait l’objet de multiples expérimentations. Cependant, en aquaponie très peu d’études relatent leur utilisation et leurs effets sur les microorganismes pathogènes ou bénéfiques. En pratique, vous devrez inoculer des plantes avec un pathogène pour ensuite évaluer l’efficacité du système de désinfection. L’emploi de méthodes moléculaires ainsi que microbiologiques peuvent être envisagées pour suivre l’évolution du pathogène et/ou des communautés microbiennes.

Compétences souhaitées : aquaculture, hydroponie, physiologie végétale, microbiologie, biologie moléculaire,…

Etude des paramètres de qualité de l’eau, des flux minéraux et des performances de productions végétales et animales au sein de la PAFFBox

 Personne de contact : Gilles Stouvenakers (gilles.stouvenakers@ulg.ac.be).

La PAFFBox pour Plant And Fish Farming est un système de production aquaponique. L’aquaponie étant un système qui intègre à la fois un élevage de poissons et la production hydroponique de plantes. Pour ce TFE, différentes possibilités existes. Vous pourrez soit expérimenter :

o          Une complémentation en éléments nutritifs

o          Une désinfection UV

o          L’emploi d’un agent de lutte biologique ou un organisme bénéfique

o          (L’impact de la matière organique)

Il vous sera également demandé de suivre les paramètres de qualité de l’eau, des flux minéraux et des performances de productions végétales et animales.

Compétences souhaitées : aquaculture, hydroponie, physiologie végétale, microbiologie, biologie moléculaire, phytoprotection, lutte biologique,…

TFE avec l’entreprise Green SURF : Optimisation de bacs de cultures sur toit :

 Personne de contact : Haïssam Jijakli (mh.jijakli@ulg.ac.be)

Encadrant : Alexandre Lefebvre (a.lefebvre@greenssurf.com)

Suite à l’imperméabilisation des sols et à l’augmentation de la densité de population des villes du monde entier, la gestion des eaux de pluie est un thème toujours plus important. De plus, en 2050 plus de 75% de la population mondiale habitera en ville et l’agriculture urbaine y sera donc incontournable pour assurer un approvisionnement suffisant en nourriture de qualité.

Dans cette optique, nous testons des systèmes de culture en bacs permettant de relever simultanément ces deux défis. L’objectif du travail est donc de tester et optimiser un bac permettant de produire des fruits et légumes tout en limitant l’impact des orages sur les inondations sans pour autant diminuer la qualité de l’eau rejetée.

Compétences souhaitées : horticulture, design, marketing, …

Agenda : Possibilité de commencer dès le mois de juillet 2017.

TFE avec l’entreprise Green SURF : -Optimisation de modules de production hydroponiques pour les particuliers.

Personne de contact : Haïssam Jijakli (mh.jijakli@ulg.ac.be)

Encadrant : à définir au sein de Green SURF

L’Arome@home est un module de production de plantes en hydroponie qui se décline sous la forme d’une étagère et d’un module de table. Par exemple, l’étagère est composé de deux plateaux coulissants s’ajustant en fonction de la culture, d’un germoir (étagère supérieure), de lampes LED, d’un réservoir muni d’une pompe et d’une colonne technique pour assurer la circulation d’eau et l’arrivée de l’électricité. Il permet par exemple de produire 2 laitues et 1 plante de basilic par semaine et dans le même temps et en continu une diversité 3 à 5 plantes aromatiques (persil, ciboulette, romarin,…).

Le projet s’articulera sur deux points importants :

  1. La mise en place des produits dérivés permettant de faire fonctionner de façon optimale l’étagère (graines, bouchons supports,…)
  2. La mise au point de l’étagère aquaponique avec des poissons d’ornements

Compétences souhaitées : Horticulture, hydroponie, …

TFE avec l’entreprise ISPC Seychelles : Optimisation de systèmes de productions de légumes pour dans une démarche de circuit-court :

 Personne de contact : Haïssam Jijakli (mh.jijakli@ulg.ac.be)

Encadrant : Julien Dufrasne de la société ISPC définir au sein de Green SURF

ISPC Seychelles est fournisseur pour de nombreux restaurants et hôtels aux Seychelles.

ISPC int. veut contribuer au développement de la gastronomie professionnelle et du marché de l’horeca en général en proposant des produits novateurs, artisanaux et authentiques dans un environnement orienté « community feeling ».

Le projet vise à étudier la possibilité de produire les légumes les plus consommés par leurs clients aux Seychelles afin de diminuer les coûts d’importation en diminuant de près de 8 000 km ces transports. Ce qui pourrait avoir un impact positif important d’un point de vue économique et écologique. La qualité des produits qui pourront alors être récoltés à maturité sera également améliorée.

Compétences souhaitées : Horticulture, hydroponie, …

Particularité : TFE en entreprise à l’étranger.

Contactez nous pour en savoir plus.

Site web spécialement dédié à l’agriculture urbaine : agriculture-urbaine.be

Retour

INTERACTION PLANTE-MICROORGANISMES (Contact:Prof. Sébastien Massart)

 Etude des composés organiques volatils (COV) émis par les plants de bananier

Personne de contact : Chadi Berhal (chadi.berhal@gmail.com)

Différents types de TFE (en collaboration avec les laboratoires d’Entomologie, de Chimie Organique et Biologie Végétale) sont possibles dans le cadre de ces travaux pionniers :

o Comparaison du spectre de COV chez différentes variétés, incluant les variétés sauvages d’origine et les variétés commerciales

o Comparaison du spectre des COV entre des plantes saines et des plantes infectées par des virus et évaluation de l’effet de COV sur le comportement d’un insecte vecteur

o Comparaison du spectre des COV lors de l’attaque par différents pathogènes bactériens et fongiques, notamment le champignon Fusarium oxysporum f.sp. cubense Tropical Race 4.

o  Comparaison du spectre des COV entre des plantes résistantes/tolérantes et des plantes sensibles.

Ces TFE permettent d’aborder des techniques variées (culture in vitro, acclimatation et suivie des plantes en serre, extraction des odeurs, GC-MS, test de phytotoxicité ou de toxicité sur les agents pathogènes des COV, microbiologie, extraction ARN, transcriptomique, tests de comportement d’insectes) et peuvent donc être modelés en fonction des centres d’intérêt.

Compétences développées : culture en serre de bananier, mise en place et gestion d’essais biologiques, GC-MS

Agriculture moderne et du Moyen-âge : comparaison des populations microbiennes à la surface de pommes

Personne de contact : Abdoul Razack Sare (abdoulrazack.sare@ulg.ac.be)

L’intensification agricole du 20ème siècle a profondément modifié la production agricole, dont celle des pommes. Les cultivars utilisés et la conduite phytotechnique, incluant une fertilisation intensive et des traitements phytosanitaires répétés, sont en effet totalement différents du mode de production ancestral. Sur laitue, il a été démontré que cette modification a appauvri considérablement les communautés microbiennes (diminution de la richesse et de la biodiversité) et donc potentiellement leur résilience face aux agents pathogènes. Quelles sont donc les conséquences de cette rupture sur les populations microbiennes résidentes à la surface des pommes et sur leur effet potentiel contre les agents phytopathogènes ?

Ce TFE va comparer les populations microbiennes à la surface de pommes de variétés modernes en production intensive ou biologique avec celles de variétés très anciennes (dont certaines sont documentées au Moyen-âge) cultivées sans aucune intervention phytosanitaire ni fertilisant.  Les travaux peuvent se cibler sur la biochimie des microbiotes, la biologie moléculaire (PCR, PCR en temps réel, clonage, séquençage,…) ou l’analyse bioinformatique de données de séquençage haut-débit.

 Compétences développées : biologie moléculaire, biochimie, microbiologie et/ou bio-informatique

Etude de l’impact des endosymbiontes sur la transmission des virus par les pucerons.

Personne de contact : Sébastien Massart (sebastien.massart@ulg.ac.be)

L’impact des endosymbiontes sur la biologie du puceron et sur la transmission de virus a été démontré chez plusieurs espèces. Les travaux en cours se centrent sur S. avenae, vecteur du BYDV, virose la plus dommageable chez les céréales. Ces endosymbiontes sont étudiés par analyse génomique et moléculaire de la relation hôte-endosymbiontes chez le puceron (en collaboration avec le Laboratoire d’Entomologie). Différents modèles d’étude sont possibles et les travaux peuvent se cibler sur la biologie moléculaire (PCR, PCR en temps réel, clonage, séquençage,…), l’analyse bioinformatique de données de séquençage haut-débit ou la biochimie.

Compétences développées : élevage d’insecte, maintenance de virus sur plantes, analyse bioinformatique, biologie moléculaire et biochimie.

Retour

LUTTE BIOLOGIQUE (Contact:Prof. Haissam Jijakli)

 Evaluation du potentiel bio-herbicide d’extraits végétaux.

 Personne de contact: Sofiène Ben Kaab (sofiene.benkaab@doct.ulg.ac.be)

La règlementation européenne a recours à l’utilisation des herbicides conventionnels qui présentent des profondes mutations et des mauvaises conséquences pour l’environnement et la santé humaine. Ceci a permis de développer des nouvelles technologies de contrôle des adventices en utilisant des produits naturelles à base des plantes. Des études menées précédemment au sein du laboratoire de phytopathologie intégrée et urbaine ont monté que ce type de plantes possédaient des propriétés fongicides et potentiellement herbicides.L’objectif de ce travail sera de développer une formulation standard d’un bioherbicide à partir d’un extrait/ fraction issus d’une plantes extrêmophiles d’origine tunisienne et de déterminer leur mode d’action.

Plan du travail :

  • Optimisation d’une formulation standard.

– Préparation des extraits de plantes

– Formulation

– Test d’activité herbicide  des formulations

– Application de la formulation aux champs

  • Etude des mécanismes d’action
  • Culture hydroponique de la plante d’intérêt

Elaboration d’un bioherbicide et compréhension des mécanismes d’actions.

 Personne de contact : Dal Maso Simon (s.dalmaso@ulg.ac.be)

 Des études antérieures menées par le laboratoire de Phytopathologie Intégrée et Urbaine ont montré que les extraits de végétaux et notamment les Huiles Essentielles possèdent des propriétés fongicides et herbicides.

L’objectif de ce travail est de développer et d’optimiser une formulation d’un bioherbicide à partir de ces extraits de plantes ou des huiles essentielles. Ainsi que de déterminer les mécanismes d’actions de ces substances présumées actives.

Plan du travail :

  • Caractérisation des extraits ou des HEs,
  • Développement et optimisation de la formulation,
  • Détermination de l’activité herbicide,
  • Détermination des mécanismes d’actions.

Elaboration d’un biofongicide contre les maladies de post-récolte dans le cadre d’une collaboration avec la société Eléphant Vert : optimisation de la formulation.

 Personne de contact : Hanene Badri  (hanene.badri@gmail.com)

 Le laboratoire a mené pendant 4 années des recherches visant à développer un biopesticide efficace contre les maladies de post-récolte des pommes et des agrumes. L’ensemble des résultats obtenus servent de base aux travaux à effectuer dans le cadre de ce projet. Une nouvelle étape est maintenant réalisée en partenariat avec la firme Eléphant Vert.

Le TFE aura pour but de mettre au point une formulation permettant d’augmenter l’efficacité de la souche de levure antagoniste en se basant sur la composante mode d’action (essentiellement compétition pour les éléments nutritifs) et sur la composante écologique (la souche est sensible à la déshydratation, et légèrement aux UVs).

L’écologie des populations microbiennes : une nouvelle dimension de la lutte biologique

Personne de contact : Abdoul Razack Sare (abdoulrazack.sare@ulg.ac.be)

Responsable académique :  Sébastien Massart (sebastien.massart@ulg.ac.be)

La lutte biologique classique se limite au schéma plante hôte-antagoniste-pathogène. Cette proposition de TFE est ciblée sur l’exploration du nouveau paradigme de la lutte biologique qui intègre les communautés microbiennes (microbiote). Ces communautés microbiennes peuvent favoriser ou défavoriser l’agent de lutte biologique et comprendre leur implication permettra d’améliorer l’efficacité et la fiabilité de la lutte biologique.

Cette nouvelle vision de la lutte biologique offre de nouvelles perspectives pour améliorer l’efficacité des agents de lutte biologique (BCA) comme on peut le remarquer dans le cas des sols suppresseurs de maladie. Ce TFE aura pour but d’évaluer l’effet du microbiote de la pomme sur l’efficacité d’un BCA isolé dans notre laboratoire (Pichia anomala souche K) contre Botrytis cinerea, un agent pathogène de la pomme en post-récolte.

Dans ce TFE, il sera question d’évaluer la charge microbienne de chaque type de microbiote et ensuite d’identifier et de caractériser les microbiotes qui favorisent l’efficacité de la souche K.

Analyse des mécanismes de défense induits par l’application de composés organiques volatils sur l’orge

Personne de contact : Caroline De Clerck (Caroline.DeClerck@ulg.ac.be)

Plusieurs molécules volatiles émises lors de l’interaction entre les racines de l’orge et deux champignons pathogènes ont été identifiées au laboratoire. Plusieurs de ces molécules ont montré un effet inhibiteur sur germination et la croissance de plusieurs champignons pathogènes de l’orge ont été découvertes au laboratoire. Elles pourraient donc constituer une alternative intéressantes aux fongicides chimiques.

L’objectif de ce travail sera de déterminer si ces molécules, dont l’action n’a pas encore été décrite dans la littérature, seraient en mesure d’induire une réaction de défense suite à leur application sur des plants d’orge sains.

Ce travail, en collaboration avec le Laboratoire de Chimie organique,  permettra d’utiliser des techniques variées : travail en serre, prélèvement de molécules volatiles par SPME, GC-MS, HPLC, analyse de chromatogrammes.

Retour

DIAGNOSTIC ET SURVEILLANCE (Contact:Prof. Sébastien Massart)

Biodiversité des écosystèmes et écologie des virus: de la parcelle au laboratoire.

Personne de contact : François Maclot (Francois.Maclot@ulg.ac.be)

Dans la nature, les phytovirus coexistent et co-évoluent avec leurs plantes hôtes depuis très longtemps, résultant en des interactions complexes, tant entre les plantes et les virus que les virus entre eux (commensalisme, antagonisme ou mutualisme). Par ailleurs, les virus passent régulièrement des réservoirs cultivés aux sauvages, et vice-versa. Les plantes sauvages ne sont donc pas à négliger, d’autant plus que les phytovirus sont en général asymptomatiques dans la nature. Les activités humaines dont l’agriculture, ainsi que le changement climatique, modifient les écosystèmes, changent cette dynamique virus-plantes-vecteurs et peuvent conduire à l’émergence de nouvelles maladies virales.

Proposition 1 : De la parcelle au laboratoire

Une étude réalisée au sein du laboratoire examine la diversité des virus au sein des Poaceae sauvages et cultivées dans des écosystèmes à biodiversité contrastée située dans le Parc naturel de la Burdinale-Mehaigne (Prov. Liège), ainsi que les flux de virus entre les champs de céréales, les prairies fauchées et pâturées. Le but de ce TFE est de confirmer la présence de virus et de déterminer leur incidence dans les diverses parcelles. Pour ce faire, des échantillons de graminées seront prélevés au printemps dans les différents écosystèmes et les virus qu’elles contiennent seront détectés au moyen de techniques de biologie moléculaire : extraction d’ADN/ARN et (RT-)PCR.

Compétences développées : échantillonnage de terrain, biologie moléculaire, virologie, épidémiologie, botanique

Proposition 2 : laboratoire et bioinformatique.

Une étude réalisée au sein du laboratoire examine, au moyen de techniques de séquençage à haut-débit (NGS), la diversité des virus au sein des Poaceae sauvages et cultivées dans des écosystèmes à biodiversité contrastée située dans le Parc naturel de la Burdinale-Mehaigne (Prov. Liège), ainsi que les flux de virus entre les champs de céréales, les prairies fauchées et pâturées. Le but de ce TFE est de comparer la diversité des virus des graminées et la biodiversité des écosystèmes dans lesquels se trouvent leurs plantes-hôtes, voire d’identifier de nouveaux virus. Pour ce faire,  les échantillons seront préparés au laboratoire (purification de particules virales, extraction d’ADN/ARN, (RT-)PCR) en vue d’un séquençage à haut débit Illumina et des analyses bioinformatiques seront réalisées afin de traiter et interpréter les résultats.

Compétences développées : bioinformatique, biologie moléculaire, statistiques, écologie, virologie

 Analyse et gestion de risques phytosanitaires émergents : identification de nouveaux virus chez le bananier

Personne de contact : Marwa Hanafi (marwa.hanafi@doct.ulg.ac.be)

 De nouveaux virus ont été observés chez le bananier dans le cadre d’une collaboration du laboratoire avec l’université de Brisbane (Australie). Ces virus n’ont jamais été décrits ni observés précédemment et la séquence de leur génome n’est pas connue. L’objectif de ce mémoire est de contribuer à caractériser ces virus (par séquençage haut-débit et classique) en vue de déterminer à plus long terme les risques phytosanitaires pesant sur la production de banane et sur les échanges mondiaux de matériel végétal.

De ce fait, les principaux objectifs du TFE consistent d’abord à bien maîtriser les techniques moléculaires de routine qui sont principalement l’extraction des acides nucléiques (ADN et ARN) et la (RT)-PCR couplée à l’immunocapture ainsi que le séquençage haut-débit ou NGS afin de caractériser par la suite ces nouvelles séquences virales et donc pouvoir publier leur existence.

Compétences développées : biologie moléculaire, virologie, diagnostic, culture en serre

   Comparative Genomic Analysis of Little cherry virus (Closteroviridae) Quasispecies Using Sanger and Next Generation Sequencing

Background

Little cherry disease (LChD), one of the major viral diseases of cherry worldwide, has an important impact on both yield and fruit quality in commercial sweet and sour cherry (Prunus avium L. and P. cerasus L.). While showing similar genetic makeup, their genomic organization is very variable and their respective symptomatology and epidemiology is still poorly understood. During two growing seasons (2014–16), intensive surveys were conducted in Belgium to monitor the incidence of LChD in sweet and sour cherries and in ornamental Prunus spp., revealing widespread occurrence of both LChV-1 and 2. Plant viruses exist as quasispecies or swarms of related genomes subjected to continuous genetic variation according to the principles of Darwinian evolution and appear in populations at mutation–selection balance making their characterization through conventional methods often difficult to achieve.

Objectives and Methodology

In this study, with recent data from high throughput sequencing, the reliability and reproducibility of Next Generation Sequencing (NGS) will be investigated with the conventional Sanger technique as improved diagnostic tool for plant virus quasispecies detection and identification. The present research will also compare accuracy and sensitivity of viral quasispecies population detection by both sequencing strategies using different platforms to assess quasispecies dynamics of LChV variants in their host plants. Genomic mutational rate position and quasispecies dominance will be determined by both sequencing technologies in order to assess LChV viral genomes occurrence and abundance.

Location: ILVO – Flanders Research Institute for Agriculture, Fisheries and Food (ILVO), Plant Sciences Unit, Merelbeke, Belgium / Université de Liège (ULg) Gembloux Agro-Bio Tech, Department of Plant Pathology, Gembloux, Belgium.

TFE à l’étranger en virologie et/ou diagnostic

Personne de contact : Sébastien Massart (sebastien.massart@ulg.ac.be)

Grâce au réseau COST FA1407 (www.cost-divas.eu) coordonnée par S. Massart, différentes possibilités de TFE sont possibles dans des groupes de recherche à l’étranger et plus particulièrement en Espagne (Valence), France (Bordeaux, Montpellier), Italie (Bari), Suisse (Lausanne), Allemagne (Neustadt), Slovénie (Ljubljana) et Pays Bas (Wageningen).

Ces groupes collaborent avec le Laboratoire de phytopathologie de GxABT et proposent un encadrement de qualité pour les TFistes, donnant ainsi toutes les garanties d’un apprentissage de haut niveau à l’étranger.

Les sujets proposés sont liés à l’épidémiologie, l’écologie, le diagnostic et la caractérisation des virus végétaux. Ces sujets peuvent combiner le travail de terrain, le travail en serre et en chambre de culture, la biologie moléculaire et/ou la bioinformatique.

Compétences développées : elles seront définies en fonction du choix thématique et géographique de l’étudiant

Retour